Ale tutaj

https://github.com/lmsgit/lms/blob/master/sample/lms.nginx.conf

jest chyba nieprawidłowa konfiguracja

bo  

 location ~ ^/(doc|documents|backups|bin|daemon|devel|lib|modules|templates_c|userpanel|contrib|templates|sample) {
deny all;
return 404;
}

powinno być przed

root /home/lms/www;