dziwne. właśnie postawiłem na czystym debianie i gentoo. poszło bez problemu. daemon wersja z git.
na gentoo 3.2.12-gentoo dostaje jedynie warningi:

mybox cutoff # make
cc -I/usr/include -Wall -O2 -fPIC -DGNU -DUSE_MYSQL -DDEBUG0 -DDEBUG1 -I../..   -c -o cutoff.o cutoff.c
cutoff.c: In function 'reload':
cutoff.c:479:9: warning: ignoring return value of 'system', declared with attribute warn_unused_result
gcc -shared cutoff.o -o cutoff.so -L/usr/lib -lmysqlclient -ldl
rm -rf cutoff.o

nie masz czasem errorów podczas kompilacji? próbowałeś ./configure z debugami?