A.L.E.C pisze:

tak, czasami problemy z uprawnieniami wynikają z wykonywania aktualizacji mysqla bez odpalenia mysql_upgrade (mysql_fix_privilege_tables).

potwierdzam, mysql_fix_privilege_tables pomoglo takze swego czasu i u mnie z tym, ze u mnie problem powstal najprawdopodoniej po przejsciu z mysql-4 na piatke.